31.12.1994 г. Указом Президента РФ орденом «За военные заслуги» были награждены первые 18 военнослужащих за выполнение специального задания. Знак ордена № 1 получил командующий Объединенной группировкой федеральных войск в Чеченской Республике генерал-лейтенант Романов А.А.

Одним из первых награжденных орденом за мужество, проявленное при исполнении служебного и воинского долга на территории Чеченской Республики стал (посмертно) специальный корреспондент газеты «Красная Звезда» полковник В.М.Житаренко, погибший 1 января 1995 г. в районе Грозного. Это была его 21-я командировка в горячую точку, начиная с 1988 г. До этого были Афганистан, Таджикистан, Армения, Северная Осетия. Заслуги военного журналиста были отмечены орденами «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР» 3-й степени и «За личное мужество».

Среди награжденных орденом «За военные заслуги» за бои в Чечне - командир 131 Майкопской отдельной мотострелковой бригады полковник А.Караоглаян, командир 696 медицинского отряда спецназначения полковник медицинской службы О.А.Попов.

Также в числе кавалеров ордена: Маршал Российской Федерации И.Д.Сергеев; генералы армии П.С.Дейнекин (главком ВВС), К.И.Кобец, В.А.Прудников (главком войсками ПВО), В.И.Семенов (главком сухопутными войсками), В.Н.Яковлев (главком РВСН); генерал-полковники В.С.Бобрышев (1999 г., командующий войсками Ленинградского ВО), В.И.Исаков (19 февраля 1999 г., начальник тыла вооруженных Сил РФ), Г.И.Шпак (18 февраля 1999 г., командующий ВДВ); генерал-лейтенанты В.А.Дырдин (командующий военно-транспортной авиацией), Н.Н.Смирнов (1997 г., военный комендант Г. Москвы); генерал-майоры В.В.Завадский (1997 г., Тверской облвоенком), С.Н.Коробко (1999 г., командующий коллективными силами по поддержанию мира в зоне грузино-абхазского конфликта); адмиралы Флота и главкомы ВМФ России в разные годы Ф.Н.Громов и В.И.Куроедов; адмиралы И.Ф.Васильев (начальник тыла ВМФ), В.Г.Егоров (командующий Балтийским флотом), О.А.Ерофеев (командующий Северным флотом), И.В. Касатонов (1-й заместитель Главкома ВМФ), В.С.Ткачев (начальник Военно-дипломатической академии); контр-адмирал В.Н.Апанович (командир дивизии надводных кораблей Балтийского флота); полковники А.С.Безруков (1997 г. начальник филиала ЦВКГ им. Л.Мандрыка), И.И.Громов (заместитель военного коменданта г.Москвы), О.В.Кузнецов (главный военный герольдмейстер), А.К.Никонов (1999 г., начальник Центрального Музея Вооруженных Сил РФ), Ю.А.Пузырев (1996 г., заместитель начальника штаба 201-й Гатчинской мотострелковой дивизии; за Таджикистан), летчик-космонавт Герой СССР Г.М.Манаков (2000 г., начальник Управления Российского государственного испытательного центра подготовки космонавтов), летчик-космонавт  Герой СССР В.В.Коваленок (2000г., начальник Военного авиационного технического университета.)

Манаков Г.М.	Сергеев И.Д.	Коваленок В.В.

Орденом «За военные заслуги» награждены 11 человек за ликвидацию последствий землетрясения в г. Нефтегорске Сахалинской области (Указы Президента РФ от 11 августа и 18 сентября 1995 г.), 9 десантников за участие в марш-броске «Босния-Косово» (Указ Президента РФ от 2 августа 1999 г.).

Среди обладателей этой воинской награды есть гражданские лица. 23 сентября 2002 г. орденом «За военные заслуги» был награжден Глава администрации Астраханской области Гужвин Анатолий Петрович за значительный вклад в становлении Каспийской флотилии и проведение сбор-похода боевых кораблей на Каспии.

Указом Президента РФ от 1 октября 2003 г. «за большой личный вклад в повышение боевой готовности войск и обеспечение обороноспособности России» орденом «За военные заслуги» был награжден мэр г. Москвы Ю.М.Лужков. К этой награде он был представлен министром обороны РФ С.Ивановым в благодарность за помощь в обеспечении военнослужащих жильем. В частности, на средства столицы для семей офицеров и мичманов Черноморского флота в Севастополе был построен жилой городок с собственным ВУЗом - филиалом МГУ. Ранее на средства правительства Москвы был фактически заново построен крейсер «Москва», являющийся в настоящее время флагманом Черноморского флота.

24 октября 2005 г. награды был удостоен глава администрации Читинской области Гениатулин Равиль Фаритович «за большой клад в обеспечение обороноспособности РФ».

Лужков Ю.М.	Гениатулин Р.Ф.	Калашников М.Т

Указом Президента РФ от 2 ноября 2004 г. награды был удостоен гл. конструктор - начальник бюро по стрелковому оружию ОАО «Концерн Ижмаш» ОАО «Ижевский машиностроительный завод» генерал-лейтенант М.Т Калашников.